حددت المادة الثانية من مواد الإصدار فى قانون المجلس الصحى المصرى، الفارق بين المجلس الصحى المصرى واللجنة العليا للتخصصات الطبية، حيث نصت على: أن يحل المجلس الصحي المصري المنشـأ وفـق أحكـام القـانون المرافـق ، محل اللجنة العليا للتخصصات الطبيـة المنشـأة بقـرار رئيـس مجلـس الـوزراء رقم 3 لسنة 1998، وكذا محل الهيئة المصرية للتدريب الإلزامي للأطبـاء المنشأة بقرار رئيس مجلس الوزراء رقم 210 لسنة 2016، ويتحمـل بجميع التزاماتهما، وتـؤول إليه جميع حقوق الهيئة والعقارات المملوكة لها وأموالها وحساباتها المصرفية .

 

ويُنقل العاملون بالهيئة المصرية للتدريب الإلزامي للأطباء إلي المجلس الصحي المصري بـذات مستوياتهم الوظيفية، وأجـورهم، وبدلاتهم، وإجازاتهم، ومزاياهم النقـدية والعينية، بما لا يؤثر علي ما يستحقونه مستقبلاً من علاوات أو مزايا، وتستمر معاملة هؤلاء العاملين بجميع الأنظمة والقواعد التي تنظم شئونهم الوظيفية لحين صدور لوائح أنظمة العاملين بالمجلس الصحي المصري وفقًا لأحكام القانون المرافق .

 

ويستمر أعضاء مجلس إدارة الهيئة المصرية للتدريب الإلزامي للأطباء واللجنة العليا للتخصصات الطبية بتشكيلهما الحالي في أداء عملهما لتسيير شئونهما، لحين تشكيل أول مجلس إدارة للمجلس الصحي المصري .