حددت المادة 11 من قانون صندوق مواجهة الطوارئ الطبية 3 أوجه لإنفاق حصيلة موارد الصندوق بقرار من رئيس مجلس الوزراء فى الأغراض الآتية:

- تغطية تكاليف حالات الكوارث والطوارئ الطبية والأزمات والأوبئة

- تغطية الحالات التى تستلزم التدخلات الطبية الحرجة والدقيقة لمنع تراكم العمليات الجراحية الكبرى التى يعتمدها مجلس الأمناء

- المساهمة فى نفقات علاج المرضى الخاضعين لنظام العلاج على نفقة الدولة بما يتفق وأغراض الصندوق

ويهدف صندوق مواجهة الطوارئ الطبية إلى دعم وتمويل الخدمات الطبية المقدمة للمواطنين وكفالة استدامتها فى حالات الكوارث والطوارئ الطبية والأزمات والأوبئة.

ويتولى إدارة الصندوق كل من مجلس الأمناء ومجلس الإدارة والمدير التنفيذي، فيما  يختص مجلس الأمناء برسم السياسة العامة للصندوق وإقرار الخطط الرئيسية المتعلقة بتنفيذها، ووضع الخطط اللازمة لاستدامة تمويل الخدمات المقدمة من قبل الصندوق ومتابعة وتقييم عمل مجلس إدارة الصندوق وإصدار اللوائح المالية والإدارية والفنية ولوائح شئون العاملين والتعاقدات والمشتريات وغيرها من النظم الداخلية المتعلقة بالصندوق، والتى يقترحها مجلس الإدارة، وذلك دون التقييد بالقوانين أو اللوائح أو القرارات المعمول بها فى الجهاز الإدارى للدولة أو أى جهة أخرى وإعداد تقرير سنوى يُرفع لرئيس الجمهورية يتضمن على الأخص ما حققه من نتائج تتعلق بأهداف هذا القانون.

أما مجلس الإدارة فهو السلطة المسئولة عن شئونه، وتصريف أموره، وإدارة الأعمال والأنشطة التى يتولاها، وله أن يتخذ ما يراه لازماً من قرارات لتحقيق أغراضه، والإشراف على تنفيذ السياسات العامة والخطط الرئيسية التى يقرها مجلس الأمناء والإشراف على سير العمل بالصندوق واعتماد التدخلات الطبية التى تساهم فيها موارد الصندوق والموافقة على قبول الهبات والتبرعات والمنح التى تُقدم للصندوق، وإعداد مشروع الموازنة السنوية والحساب الختامى للصندوق وعرضهما على مجلس الأمناء.

ويكون للصندوق مدير تنفيذى متفرغ لإدارته، يصدر بتعيينه وتحديد معاملته المالية قرار من رئيس مجلس الأمناء بناء على عرض رئيس مجلس الإدارة، وذلك لمدة 3 سنوات، قابلة للتجديد لمرة واحدة، ويتولى تصريف أمور الصندوق وتنفيذ السياسات والقرارات الصادرة من مجلس الإدارة، ويمثل المدير التنفيذى الصندوق فى مواجهة الغير وأمام القضاء.